Tưới nước là một trong những nhiệm vụ quản lý chính của cây bonsai. Việc tưới nước tưởng chừng đơn giản nhưng để tưới nước vừa phải lại không phải là điều dễ dàng. Việc tưới nước nên được thực hiện tùy theo loài cây, sự thay đổi theo mùa, thời kỳ sinh trưởng, thời kỳ ra hoa, thời kỳ ngủ đông và điều kiện thời tiết của cây. Nắm vững thời gian và lượng nước tưới là rất quan trọng đối với sự phát triển của cây trồng. Cái chết của một số cây bonsai có liên quan trực tiếp đến việc tưới nước không đúng cách.

Ngoài việc cung cấp nước và chất dinh dưỡng cho cây trồng trong chậu, đất trồng chậu còn duy trì quá trình hô hấp bình thường của cây. Khi đất trồng đủ độ ẩm, các hạt đất nở ra, ép không khí vào các khe hở giữa các hạt gây thiếu không khí trong đất trồng chậu; khi đất trong chậu khô hoặc tương đối khô, các hạt đất co lại, thể tích nhỏ hơn và khoảng cách giữa các hạt lại xuất hiện. Các khoảng trống được lấp đầy bằng không khí.

Khi đất thay đổi giữa khô và ướt, không khí trong đất trồng chậu cũng lưu thông liên tục, giúp rễ cây thở bình thường. Sau mỗi lần tưới nước, rễ cây sẽ có khả năng chịu đựng được tình trạng thiếu oxy trong đất trồng trong một khoảng thời gian ngắn. Tuy nhiên, nếu đất chậu quá ẩm lâu ngày dẫn đến thiếu oxy lâu dài sẽ gây xói mòn rễ và các bệnh khác; Nếu đất khô lâu ngày, dù trong đất trồng có đủ oxy nhưng cây không thể hút nước lâu ngày, điều này cũng gây bất lợi cho sự phát triển của cây, thậm chí có thể khiến cây chết. Vì vậy, khi tưới cây bonsai cần tuân thủ nguyên tắc “không tưới khi cây đã khô, hãy tưới thật kỹ”.

Tưới nước không đủ và cây bị mất nước sẽ khiến cành héo, rũ xuống, lá khô héo, chuyển sang màu vàng và rụng. Đối với các loài cây lá kim, các lá kim sẽ trở nên mềm và mất đi cảm giác chắc và gai. Khi thiếu nước trầm trọng, vỏ cành non co lại như nổi da gà. Nếu gặp phải tình trạng này vào mùa hè, bạn nên chuyển ngay cây đến nơi râm mát. Sau khi nhiệt độ giảm xuống, trước tiên phun nước lên lá, sau đó đổ một ít nước vào chậu, sau một giờ đổ nước thật kỹ.

Đối với cây bị mất nước nghiêm trọng, không được tưới đủ nước ngay lập tức, vì khi cây bị mất nước nghiêm trọng, vỏ rễ sẽ co lại và nằm sát vào xylem. Nếu được cung cấp một lượng nước lớn đột ngột, bộ rễ sẽ giãn nở do hút nước nhanh khiến vỏ cây bị nứt dẫn đến cây chết, do đó cần có quá trình thích nghi dần dần. Sau khi những cây thiếu nước trầm trọng trải qua quá trình xử lý trên, tốt nhất nên để chúng dưới bóng râm trong vài ngày, sau đó đem ra phơi nắng sau khi cây khỏe. Tuy nhiên, đừng tưới quá nhiều nước. Ngoài việc khiến cây phát triển dốc, ảnh hưởng đến hình dáng và giá trị làm cảnh, việc tưới nước quá nhiều còn dễ gây thối rễ và chết cây. Những chậu cây cảnh thu nhỏ cần ít đất hơn, vì vậy điều đặc biệt quan trọng là phải tưới nước đúng lúc và đúng lượng.